Die Schule wird einerseits über kantonale Beiträge für Kinder, die spezifische sonderpädagogische Förderung brauchen, anderseits über das von Eltern bezahlte Schulgeld finanziert.
Als Privatschule verwaltet die Christophorus-Schule ihr Budget selbst. Die finanzielle Verantwortung trägt der Christophorus-Schulverein als Rechtsträger der Schule.