
Die Schule hat mit dem Kanton Basel-Landschaft eine Leistungsvereinbarung und mit dem Kanton Basel-Stadt einen Kooperationsvertrag. Durch deren kantonale Pauschalbeiträge der Schulgelder finanziert sich die Schule.
Als Privatschule verwaltet die Christophorus-Schule ihr Budget selbst. Die finanzielle Verantwortung trägt der Christophorus-Schulverein als Rechtsträger der Schule.