Die Schule wird über die Schulgelder finanziert, die die Eltern für ihre Kinder zahlen. Hinzu kommen kantonale Beiträge für Kinder, die spezifische sonderpädagogische Förderung brauchen.
Als Privatschule verwaltet die Christophorus-Schule ihr Budget selbst. Die finanzielle Verantwortung trägt der Christophorus-Schulverein als Rechtsträger der Schule.